Le frère Marie-Victorin reçut au cours de sa carrière de nombreux prix et distinctions. De même, plusieurs honneurs lui furent conférés. Voici une liste, qui ne se prétend pas exhaustive, de ces honneurs, prix et distinctions.

1915
Lauréat du concours littéraire de la Société Saint-Jean-Baptiste de Montréal pour La croix du chemin (ou La Croix de Saint-Norbert, selon l'édition).

1916
Lauréat du concours littéraire de la Société Saint-Jean-Baptiste de Montréal pour La corvée des Hamel.

1923
Prix David pour sa thèse de doctorat, Les Filicinées du Québec.

1924
Membre de la Société royale du Canada, Section I : Littérature

1925
Président de la Société canadienne d'histoire naturelle (SCHN) (1925-1940).

Membre de la Société Royale du Canada, Section V : Sciences biologiques (1925-1944).

1928
Lauréat d'un des Prix d'action intellectuelle (section de la narration française) de l'Association catholique de la jeunesse canadienne française (ACJC) pour Croquis laurentiens.

Lauréat d'un des Prix d'action intellectuelle (section des travaux scientifiques et techniques) de l'Association catholique de la jeunesse canadienne française (ACJC) pour Recherches phytométriques du Bartonia virginia L.

1929
Nommé Fellow de la Linuean Society of London.

1930
Nommé comme représentant du Canada à la Commission internationale de nomenclature botanique, créée au Congrès de Cambridge, Angleterre, en août 1930.

1931
Prix David pour l'ensemble des Contributions du Laboratoire de botanique de l'Université de Montréal.

1932
Prix Grandoger de la Société botanique de France.

1933
Délégué par le Conseil national de Recherches et la Société Royale du Canada au Congrès scientifique du Pacifique à Vancouver, Colombie Britannique.

Invité d'honneur de la British Association au congrès de Leicester, Angleterre.

Président de la Section V de la Société royale du Canada.

1934
Délégué par le Conseil national de recherches et la Société royale du Canada au Congrès de la British Association for the Advancement of Science, à Aberdeen.

1935
Décoré par Sa Majesté le Roi d'Angleterre en commémoration de son Jubilé d'argent.

Prix Coincy de l'Académie des Sciences de Paris pour l'ensemble de ses travaux floristiques.

Vice-président de l'Association Canadienne Française pour l'Avancement des Sciences (ACFAS).

1936
Médaille d'or de la Société Provancher d'histoire naturelle pour La Flore laurentienne.

1937
Président de l' Association Canadienne Française pour l'Avancement des Sciences (ACFAS) (1937-1938).

1938
Officier de l'Ordre Honneur et Mérite de la République d'Haïti.

Commandeur de l'Ordre du Mérite agricole de la Province de Québec.

1944
Nommé Officier de l'Ordre de la Légion d'honneur (Ordre de Cespédès), par le gouvernement cubain.

1954
Dévoilement du monument de Marie-Victorin au Jardin botanique de Montréal par le premier ministre, Maurice Duplessis.

1977
Prix Marie-Victorin
Créé en 1977, lors de l'instauration par le gouvernement québécois des Prix du Québec, le Prix Marie-Victorin s'adresse aux chercheurs de sciences pures et appliquées dont les travaux ne relèvent pas du domaine biomédical. Comme tous les Prix du Québec, il vise à souligner une carrière remarquable.